質(zhì)譜儀以離子源、質(zhì)量分析器和離子檢測器為核心。離子源是使試樣分子在高真空條件下離子化的裝置。電離后的分子因接受了過多的能量會進(jìn)一步碎裂成較小質(zhì)量的多種碎片離子和中性粒子。它們在加速電場作用下獲取具有相同能量的平均動能而進(jìn)入質(zhì)量分析器。

    質(zhì)譜分析手段在過去的十年中飛速發(fā)展，目前這種分析手段的應(yīng)用幾乎遍及每個角落。尤其是在生命科學(xué)領(lǐng)域中，質(zhì)譜分析已經(jīng)成為蛋白質(zhì)以及小分子應(yīng)用中*的一種分析手段。

    從技術(shù)的角度來說，大部分的質(zhì)譜儀都無法獲得所需要的所有信息，因此必須同時應(yīng)用兩種或更多的檢測手段來達(dá)到*大的靈敏度和生產(chǎn)能力。

    對于某些應(yīng)用來說，由于產(chǎn)物離子的靈敏性通常情況下不是很強(qiáng)，因此想要通過三倍的四極矩設(shè)備來獲得高質(zhì)量的譜圖是非常困難的。這種靈敏性上的欠缺可以通過QqTOF技術(shù)來克服，這種技術(shù)能夠提供附加的質(zhì)譜信息，但是真實(shí)的前體和中性損失掃描實(shí)驗(yàn)以及可信賴的定量分析就很難實(shí)現(xiàn)了。盡管離子阱質(zhì)譜儀（MS）可以實(shí)現(xiàn)多次敏感的質(zhì)譜（MSn）實(shí)驗(yàn)，從而弄清楚反應(yīng)機(jī)理，簡化光譜的干擾。

    但是前面的問題對于三維離子阱技術(shù)來說同樣無法避免。盡管如此，三維離子阱很容易發(fā)生過載現(xiàn)象（空間充電效應(yīng)），這種現(xiàn)象可能導(dǎo)致質(zhì)量漂移，分解損失以及光譜和校準(zhǔn)曲線的非線性。因此，三維離子阱不適用于較大量的分析。所有這些在**代混合線性離子阱/三倍四極質(zhì)譜儀開發(fā)出以后都得到了改變，來自Applied Biosystems 和MDS SCIEX公司的Q TRAP LC/MS/MS系統(tǒng)，是在API 2000 LC/MS/MS平臺的基礎(chǔ)上開發(fā)出來的，產(chǎn)品已經(jīng)投放市場，馬上受到蛋白質(zhì)以及藥物開發(fā)質(zhì)譜儀領(lǐng)域的廣泛歡迎。